Mikroorganismen wie Bakterien, Pilze und Protozoen sind natürlich vorkommende, mikroskopisch kleine Organismen, die sämtliche Oberflächen und Lebensräume dieses Planeten besiedeln und einen großen Teil der weltweiten Biomasse stellen. Sie kommen nicht nur in Gewässern, Böden oder in der Luft vor, sondern leben auch auf und in Lebewesen wie Pflanzen oder Tieren. Sie sind die Grundlage für biologische Kreisläufe und Stoffwechselprozesse und haben – gerade bei Pflanzen – einen großen Einfluss auf Wachstum und Gesundheit, während nur ein geringer Teil der Mikroorganismen parasitär lebt oder als Schaderreger Krankheiten bei Pflanzen und Tieren verursachen kann. 

Wegen ihrer biologischen Eigenschaften werden Mikroorganismen weltweit (auch in der EU) seit Jahrzehnten zur biologischen Bekämpfung von Schädlingen und Pflanzenkrankheiten eingesetzt. So werden Stämme mit antagonistischen Eigenschaften zu Pflanzenkrankheiten (Pilze wie z. B. Trichoderma) kurativ im Pflanzenschutz eingesetzt. 

Mikroorganismen, ebenso wie alle anderen in Pflanzenschutzmitteln verwendeten Wirkstoffe, dürfen nur dann zur Verwendung genehmigt werden, wenn sie die Genehmigungskriterien der Verordnung über das Inverkehrbringen von Pflanzenschutzmitteln erfüllen (Quelle verändert und weitere Infos unter: https://ec.europa.eu/commission/presscorner/detail/de/qanda_22_852).

Mikroorganismen ohne direkte Pflanzenschutzwirkung können laut EU-Definition vorbeugend als Pflanzenhilfsstoff, Bodenhilfsmittel, Pflanzenstärkungsmittel oder Biostimulanz eingesetzt werden. Ziel dabei ist es, u. a. die Nährstoffverfügbarkeit und das Wachstum zu fördern oder Resistenzen durch pflanzeneigene Schutzmechanismen zu aktivieren. In den letzten Jahren wurden viele dieser natürlichen Produkte auf den Markt gebracht und werden u. a. auch im Zierpflanzenbau erfolgreich eingesetzt.

So werden z. B. in Glashäusern Oberflächen wie Pflanztische, Böden oder Schutzschirme mit Mikroorganismen besprüht, um ein probiotisches Milieu zu etablieren und dadurch Krankheitserreger zu verdrängen bzw. deren Entwicklung zu hemmen (Biocontrol).
Anstatt einer Desinfektion mit zugelassenen Desinfektionsmitteln nutzen viele Betriebe seit Jahren erfolgreich diesen natürlichen Effekt, indem Oberflächen nach Reinigung (u. a. auch nach erfolgter Desinfektion) wieder mit probiotischer Mikrobiologie „belebt“ werden.